使用 Thermo Scientific™ Proteome Discoverer™ 软件鉴定和定量分析复杂生物样品中的多肽和蛋白质。Proteome Discoverer 软件简化众多蛋白质组工作流程，从蛋白质和多肽鉴定到 PTM 分析，再到同量异位质量标记以及 SILAC 和非标记定量。它支持多种数据库搜索算法和多种解离技术。采用 MSAID 出品的智能 INFERYS™ Rescoring 和 CHIMERYS™ 搜索引擎，不仅仅局限于搜索，还可以探索，从而大幅增加特异性多肽鉴定的数量。
Proteome Discoverer 软件支持多种解离技术、定量技术和数据库搜索算法，可进行全面的蛋白质鉴定、表征和定量。 综合- 提供了可选择的搜索算法（SEQUEST™ HT、Mascot、MS Amanda、Byonic™、ProsightPD™），而且多种算法的输出可以结合起来，以尽可能扩大和交叉验证结果
- 采用智能 INFERYS Resccoring 和 CHIMERYS 算法查找更多信息
- 支持多种解离技术（HCD、CID、ETD 和 UVPD），以实现更完整的覆盖范围和可靠的 PTM 鉴定
- 支持同量异位素质量标记（TMT、iTRAQ）、同位素标记（SILAC）和无标记定量技术
- 以错误发现率（FDR）来验证肽和蛋白质 ID
高效且可扩展- 自动分析数据，并通过预置和可定制的工作流程简化 MSn 数据分析
- 包括将定量分析对应至样品生物学信息的研究管理
- 使用结果来完善数据采集，例如导出纳入和排除列表，以便直接导入仪器方法
- 通过 GO 分类、PTM 位点和来自于公共数据库的文献引用，对已鉴定出来的蛋白质进行自动注释，说明其生物学背景信息
- 加快数据对比、交换和验证，配合由 HUPO 蛋白质组学标准计划 (PSI) 开发的数据标准
- 支持第三方节点进行数据处理，并实现大型数据集的处理
- 以人工智能助力的快速、稳健的峰值选择和肽定量算法，可提取更多信息
- 获得可靠的统计数据，并可视化视验证定量结果
功能 此版本包含以下新增或增强的功能
ProteomeDiscoverer3.2的新功能
奇美"“4.0:CHIMERYS智能搜索包括几个新的改进:
分析时间减少2倍
支持新的PTMS:乙酰化、泛素化(K-GG)、未修饰的基和预0mics基修饰
改进了DIA数据的PTM定位
-Apex 和区域定量
支持使用All Files中的Quan处理更大的数据集(基于云的CHIMERYS约为300GB，Ardia Server上的CHIMERYS约为500 GB)
-半肽酶消化支持
INFERYST4.7:新PTMS(见上面列出的新CHIMERYS功能)
新表格用于显示DIA和其他数据
-DIA前体
-DIA前体组
-肽序列组
TMTpro™ 32plex 和TMTpro™ 35plex新的Reporter离子控制通道归一化节点新的默认TMT 32plex和TMT 35plex方法新的默认TMT 32plex和TMT 35plex工作流程
在ArdiaM平台数据探索器应用程序和PD结果对象选择器中对上传到Ardia的蛋白质注释肽基团、PSMS和MS/MS光谱进行注释，使用“发布到Ardia”或自动化分析功能
新统计见解节点提供自定义汇总统计
额外的蛋白质组水平FDR
Discover 3.1
•嵌合体™ 2.0：CHIMERYS智能搜索算法已改进为
支持数据独立分析和某些类型的并行反应监测
分析
•推断™ 3.0：INFERYS预测模型已经更新，包括翻译后修饰磷酸化。INFERYS的预测现在还包括
中性损失碎片，包括水、氨、羧基和磷酸盐损失。
•莫卡波特：CHIMERYS算法自动使用莫卡波特算法进行FDR
代替Percolator的控制。Mokapot算法速度快10倍
结果与Percolator非常相似。因此，CHIMERYS 2.0中的DDA分析为
显著快于在蛋白质组发现器3.0中释放的CHIMERYS 1.0。
•碎片离子定量器：这个新节点用于共识工作流中进行汇总
从芯片到肽组和蛋白质的DIA和PRM定量值
水平。碎片离子定量器的参数与
前体离子定量器和报告离子定量器节点。
•提高了共识工作流程的性能：共识的分析时间
使用更复杂的数据集，工作流减少了约20%
表现出分析时间的较大相对减少。
•支持Orbitrap™ Astral™ 质谱仪扫描头。
联系 1739083603@qq.com
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