PEAKS Studio--兼容DDA和DIA的蛋白质组学完整解决方案
PEAKS Studio是一个软件平台，为发现蛋白质组学提供完整的解决方案，包括蛋白质鉴定和定量、翻译后修饰（PTM）和序列变异（突变）的分析，以及肽/蛋白质从头测序
PEAKS 和 DeepSuite 的新功能
高灵敏度 DIA：简化、准确、快速
糖蛋白质组学和糖组学：使用GlycanFinder进行高级结构鉴定
Proteoform Characterization：统一的自上而下和自下而上的工作流程
新抗原发现：组学驱动的免疫治疗见解
DeepSuite Lab 服务：AI 驱动的专家分析，用于肽段鉴定、从头测序等
PEAKS 12.5DIA
LFQ支持high precision和high accuracy两种模式
DDA DeepNovo
Peptidome workflow将蛋白质组学和基因组学结合
支持具有基因位点的非标准参考序列库
使用 GraphNovo 算法和 FDR 质控提升DeepNovo 多肽测序流程
基于特征峰的LFQ
SPIDER新增可信修饰位点判定
支持DeepNovo DIA 多肽组工作流程
PEAKS Studio新增靶向蛋白质组学数据分析功能（PRM、HybridDIA）
PEAKS
Studio12新功能亮点
PEAKS
DIA工作流
多肽
白质定性定量深度提高20%
Hybrid-DIA专门用于靶向和发现驱动的临床蛋白质组学研究
DeepNovo Peptidome 工作流
新增Gene table填补蛋白质组学和基因组学之间的差异信息
支持NGS非经典数据库检索
多肽组学非标记定量和自动化QC工具
支持DeepNovo-DIA多肽组数据分析
DeepNovo 工作流
整合最新GraphNovo 算法
可使用GPU提高分析速度
实现从头测序的FDR质控
PRM/hybrid-DIA工作流
新增PRM和hybrid-DIA靶向定量分析（仅限 PEAKS Studio）
新增离子对列表导出选项：从 DIA LFQ 结果中，用户可以导出 PRM 和 MRM 离子对列表
翻译后修饰 (PTM) 和突变位点分析
更可信的位点鉴定：基于谱图中碎片离子的直接证据提高修饰、突变位点的可信度
肽/蛋白质鉴定从头测序。
使用新的深度学习增强进行数据库搜索，以最大限度地提高肽 ID 效率。
DIA 工作流程（光谱库搜索 + directDB + de novo）。新功能：使用具有更高灵敏度和准确性的 DIA 数据（包括具有短梯度的 DIA）进行直接数据库搜索。
增强型基于深度学习的技术，用于预测光谱、保留时间和碰撞截面值。
具有 500+ 修饰的翻译后修饰 （PTM） 搜索。
序列变异和突变搜索。
新：基于 DeepNovo 的免疫肽组学肽组学肽组工作流程：将同源性搜索与 de novo 集成在一起，以改善 FDR 控制下的 HLA 肽组学。
新品：PEAKS聚糖模块可实现高灵敏度和准确的糖蛋白组学
卓越的无标记和标记定量无标签和基于标签：TMT（MS2、MS3）/iTRAQ、SILAC、18D 标签、ICAT、用户定义。
可以使用热图、相关性曲线和提取离子色谱图 （XIC） 可视化定量结果。
易于使用的界面和卓越的结果可视化详细且易于使用的图形用户界面 （GUI），用于查看、过滤和验证结果。
光谱库查看器，用于在使用前评估质量并验证库。
以可视化方式呈现的统计计算，以评估原始数据和/或结果的质量。
LC-MS/MS热图可全面显示肽特征、MS/MS谱图采集以及相对于质量过电荷（m/z）、保留时间（RT）、补偿电压（CV）、离子淌度（1/k0）和信号强度的鉴定位置。
供应商中立，并经过微调以利用最新的 MS 技术新功能：PEAKS 11 现在支持 ZenoTOF。
支持离子淌度光谱蛋白质组学（timsTOF Pro、FAIMS、HDMSe）。
针对每种仪器和碎片类型对算法进行了微调，以确保最佳的准确性和灵敏度。
全面支持 DDA 和 DIA 进行鉴定和定量分析。
有兴趣联系
3766906032@qq.com
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